Il comune di San Giovanni Rotondo è noto perchè meta di pellegrinaggi religiosi dei devoti di Padre Pio, di cui ospita le spoglie. Il comune di San Giovanni Rotondo fa parte del Parco Nazionale del Gargano e della Comunità Montana del Gargano.
Il territorio comunale confina a nord e ad ovest con San Marco in Lamis, ad est con Monte Sant'Angelo e a sud con Manfredonia dalla quale dista 18 Km e va dalle pendici del Gargano fino alla pianura del Tavoliere.
La città di San Giovanni Rotondo fu fondata nel 1095 sulle rovine di un preesistente villaggio del IV secolo a.C.; di questo borgo restano dei segni visibili, come alcune tombe ed un battistero circolare (l'epiteto "Rotondo" deriva proprio da questo) che anticamente era destinato al culto di Giano, Dio bifronte, e in seguito fu consacrato a San Giovanni Battista. Durante il basso Medioevo ha sempre ricoperto incarichi importanti nell'organizzazione economica del Meridione; sotto il Regno delle Due Sicilie ad esempio, ha ricoperto l'incarico di stabilire i prezzi della mercanzia commercializzata nel regno.